La NEP es una enfermedad de presentación enzoótica, multifactorial existiendo otras agentes que pueden presentar similitud clínico-lesional respiratoria como es el complejo de enfermedad respiratoria porcina que incluye al menos, al virus del PRRS y a Mh (Fig. 11, 12 y 13). Citando únicamente éstas, se pone en evidencia la necesidad de utilizar diferentes técnicas laboratoriales, para la obtención de un diagnóstico definitivo.

El segundo grupo, podrían ser clasificados como oportunistas. Los virus de este grupo inducen normalmente una enfermedad subclínica, a menos que los animales estén inmunocomprometidos o la infección esté complicada por bacterias y/u otros virus, en el que se incluye el citomegalovirus (PCMV) y por ahora, el circovirus (PCV), (Fig. 14 y 15) si bien hay trabajos que lo proponen como un agente del primer grupo.

El tercer grupo son aquellos que solamente bajo ciertas circunstancias están asociados con la enfermedad respiratoria. Aquí se podría encuadrar el paramyxovirus, la encefalomiocarditis y el virus de la encefalomielitis hemaglutinante y el adenovirus.

Actualmente, la fase de terminación de la producción porcina está recibiendo mucha atención ya que de una enfermedad respiratoria aguda se está pasando a una crónica y endémica y como resultado un aumento de la mortalidad. El rango de morbilidad varía entre un 30-70% y una mortalidad del 4-6%. Los diagnósticos más frecuentes son de PRRS, Mh y Pasteurella multocida tipo A en los pulmones afectados. Haemophilus parasuis, Streptococus suis, SIV, o PRCV están sin embargo menos involucrados en el síndrome. El tratamiento y la prevención de Mh como factor primario han tenido éxito en la fase crítica de las 18 semanas. Por lo tanto, la posibilidad de que Mh potencie la infección de PRRS se ha propuesto como explicación a esta forma de PRDC.

Los patógenos bacterianos pueden agruparse también dentro de tres categorías, basados en su virulencia y/o ruta de infección. Así, tenemos los primariamente inhalados, los secundariamente inhalados y los que alcanzan el pulmón vía sanguínea.

Los primeros tienen factores de virulencia que comprometen las defensas naturales del pulmón. Los más comunes de éstos son Mh, App (Fig. 16) y Bordetella bronchiséptica. Los segundos pueden no inducir neumonía cuando se inoculan intratraquealmente, éstos requieren de un daño previo de los mecanismos de defensa o limpieza pulmonar para que puedan proliferar e inducir neumonía. Los más comunes son Pasteurella multocida, Streptoccoccus suis, Haemophilus parasuis, Mycoplasma hyorhinis y Actynomices pyogenes (Fig. 17 y 18). Los patógenos pulmonares que llegan por vía sanguínea son consecuencia de una bacteriemia o septicemia, los más frecuentes son Salmonella choleraesusis, Actinobacillus suis y Actinomyces pyogenes.